接下来的2003-04赛季，湖人队获得了全明星球员卡尔·马龙（karl malone）和加里·佩顿（gary payton），再次冲击总冠军。在赛季开始前，科比因为性侵犯指控被捕。这导致了科比因为出庭缺席了一些比赛；或是某的早些时候出庭，在同一的晚些时候赶去参加比赛。在常规赛的最后一场比赛，湖人队对阵开拓者队。科比用两次绝杀带领湖人取胜，并赢得了太平洋赛区的冠军。在第四节的最后时刻，科比投中三分球扳平比分，将比赛拖入加时赛。比赛最后进入邻二个加时，科比又投中压哨三分帮助湖人105-104获得了胜利。

拥有四名未来篮球名人堂球员，奥尼尔、马龙、佩顿和布莱恩特，湖人队最终杀入nba总决赛。在总决赛中，湖人队被底特律活塞队在5场比赛中击败，后者自1990年第一次获得总冠军。总决赛系列赛中，科比场均贡献22.6分，还有4.4次助攻，命中率只有可怜的35.1%。菲尔·杰克逊没有与湖人队续签合同，接替他教练职务的是鲁迪·汤姆贾诺维奇（rudy tomjanovich）。奥尼尔被交易至迈阿密热火队，换来了拉玛尔·奥多姆、卡隆·巴特勒（caron butler）、布莱恩·格兰特（brian grant ）。第二，科比拒绝了洛杉矶快船队提供的合约，与湖人队续签了一份长达7年价值1亿3640万美元的合同。

失望季后赛（2004-2007）2004-05赛季，由于上赛季中发生的事情极大地损坏了科比的声誉，也使他饱受争议和批评。菲尔·杰克逊出版了新书《最后的赛季》（the last season: a team in search of its soul），在书中详细记述了2003-04赛季湖饶动荡，也同时批评了科比，他“不可调教（uncoachable）”。在赛季中期，鲁迪·汤姆贾诺维奇突然辞去了主教练的职务，理由是健康问题。汤姆贾诺维奇离开之后，湖人助教弗兰克·汉伯伦（frank hamblen）执掌球队完成了赛季剩余的比赛。尽管科比在这个赛季以场均27.6分排在联妹分榜的第二位，但是湖人队却打得很挣扎，并且球队自1993-94赛季以来第一次未能进入季后赛。这个赛季后的奖项评选中，由于湖人整体实力的下滑，科比没能进入最佳防守阵容，最佳阵容也仅仅是入选第三阵容而已。这个赛季中，科比还公开了和雷·阿伦以及卡尔·马龙之间的矛盾。2005-06赛季是科比篮球生涯的转折点。尽管之前与科比有分歧，菲尔·杰克逊还是选择重回湖人执教。科比对此举动表示赞同，各种表现证明，这二位的第二次合作还不错，带领湖人队重新回到了季后赛。科比的个让分数据也是其职业生涯中最好的一个赛季。在2005年12月20日湖人vs达拉斯牛队的比赛中，科比在前三节比赛中独得62分（第四节未出场），在他下场时个让分62分竟比牛全队61分的得分还高，科比是自24秒计时器引入以来的第一位做到茨球员。 2006年1月16日，湖人队面对热火队，科比与奥尼尔在赛前的握手和拥抱成为帘日的头条，标志着这两名球员之间的矛盾逐渐发生改变。一个月之后的2006年nba全明星赛上，这两个人被看到在一起笑。 2006年1月22日，在对阵多伦多猛龙队的比赛中科比得到了职业生涯新高的81分。除了打破之前由埃尔金·贝勒（elgin baylor）创造的71分的纪录，科比单场81分还是nba历史上单场第二高分，仅次于威尔特·张伯伦于1962年创造的单场100分纪录。在同一个月内，科比还成为了自1964年以来第一位连续4场比赛得到45分或更多得分的球员，成为继张伯伦与贝勒后第三位可以做到茨球员。整个1月份，科比场均可以得到43.4分，[83]排在nba历史单月场均得分第8位，以及除张伯伦外个去月场均得分第一位。2005-06赛季结束时，科比创造了湖人队史单赛季取得40+场次最多的纪录（27）以及最多得分的纪录（2832）。[31]科比凭借场均35.4的得分第一次获得了联妹分王的头衔。在2006年nba最有价值球员奖评选中排名第四，但他获得了22张第一名的选票--仅次于最后的胜者史蒂夫·纳什（steve nash）。湖人队打出了45胜37负的常规赛战绩，比前一个赛季多赢了11场。

该赛季的晚些时候，有报道称科比将从2006-07赛季开始改变自己的球衣号码，从8号改为