命为后续的攻击机群铺平道路的时候，日本联合舰队第一航空舰队司令长官南云忠一海军中将，却在他的旗舰“赤城”号的舰桥上，经历着他海军生涯中最纠结、最混乱、也最终被证明是“致命”的几个小时。

情报的困扰与决策的摇摆：

07:00左右： 南云收到了从中途岛返航的第一攻击波指挥官友永丈市发来的那份关键电报：“需要对中途岛发动第二次攻击。”

07:15左右： 根据友永的报告，也为了彻底摧毁中途岛的威胁，南云下达了一个在当时看来似乎是合乎逻辑的命令：将原先停放在四艘航母机库甲板上、准备用于攻击可能出现的美军舰船的第二攻击波飞机（这些飞机原先挂载的是专门攻击军舰的鱼雷和穿甲炸弹），立刻卸下反舰武器，重新换装攻击陆地目标用的高爆弹和燃烧弹。这是一个在拥挤不堪、而且到处都是航空汽油和易燃易爆物的航母机库甲板上，极其耗时（至少需要一个小时以上）而且危险万分的操作！无数的炸弹和鱼雷被胡乱地堆放在甲板的角落里，等待着被重新安装或者运回弹药库。

07:28（一个决定命运的时刻！）： 就在日军地勤人员手忙脚乱地给飞机换炸弹的时候，那架因为弹射器故障而比预定时间晚了整整半个小时才起飞的、来自重巡洋舰“利根”号的4号水上侦察机，终于在搜索海域的尽头，发回了一份令整个南云舰队都为之震动的紧急电报：“发现十艘疑似敌舰！方位10度，距离中途岛240英里，正以超过20节的航速向东南方向航行！”（这正是弗莱彻指挥的tf-17和斯普鲁恩斯指挥的tf-16的一部分兵力！）

08:00-08:20左右： “利根”号的4号侦察机又陆续发回了更进一步的、也是更令人不安的补充报告，最终确认：“敌舰队中，似乎包含一艘航空母舰！”

南云的抉择与致命的混乱：

发现美军航空母舰！这个消息，如同晴天霹雳，一下子就把南云给打懵了！他现在面临着一个极其艰难、也极其紧迫的抉择：是立刻命令甲板上那些已经换好了攻击陆地用的高爆弹的飞机起飞，去攻击刚刚被发现的美军航母（但这样做，攻击效果会大打折扣，因为高爆弹对付有厚重装甲的航母，威力远不如穿甲弹和鱼雷，而且也缺乏足够的战斗机护航，因为很多“零式”还在为返航的飞机护航或者在低空拦截鱼雷机）？还是下令将这些飞机重新拖回机库，再次卸下高爆弹，重新换装攻击军舰用的鱼雷和穿甲弹，然后再组织一次更具威力的、但需要更多时间的联合攻击？

与此同时，第一波空袭中途岛返航的飞机，已经陆续飞抵南云舰队的上空，在母舰周围盘旋，焦急地等待着降落的信号，他们的油料即将耗尽！而美军的鱼雷机部队，也已经像闻到血腥味的鲨鱼一样，开始对南云的舰队发动了第一波自杀式的攻击！

在各种相互矛盾的信息、来自不同参谋的混乱建议、以及战场瞬息万变的巨大压力之下，南云忠一，这位在偷袭珍珠港时还显得沉着冷静的指挥官，此刻似乎也方寸大乱。他犹豫不决，举棋不定，错失了在第一时间做出正确决断的宝贵机会。最终，他做出了一个在当时看来似乎是“最稳妥”（为了回收宝贵的飞行员和飞机，也为了能组织一次更有效的反击）但事后被证明是“最致命”的决定：优先回收那些从中途岛返航的、油料即将耗尽的飞机！然后再将甲板上待命的飞机，重新改装反舰武器，组织对已被发现的美军航母发动攻击！

这个决定，虽然在程序上似乎合乎逻辑，但也导致了一个灾难性的后果——那就是在日本航母的飞行甲板上，出现了一段长达近一个小时的“致命空窗期”！在这段时间里，四艘日本航空母舰的甲板上，到处都是正在降落、加油、重新挂弹的飞机，根本无法起飞战斗机进行有效的空中警戒和护航，更无法立即组织起有效的反击力量去攻击美军航母。飞行甲板上，到处是加满了油的飞机、堆积如山的炸弹和鱼雷、以及暴露在外的航空汽油输油管线……整个航空母舰，就像一个巨大的、塞满了易燃易爆物的火药桶，只需要一颗小小的火星，就可能引发一场毁灭性的灾难！

暴风雨前的死寂（上午10:15左右）：

美军三个鱼雷机中队的悲壮攻击，虽然未能对日军航母造成任何实质性的损伤，但也成功地将日军的注意力完全吸引到了低空。南云的四艘航空母舰，在经历了美军鱼雷机轮番的“自杀式”攻击之后，毫发无损地在海面上继续航行。日本的“零式”战斗机，正在得意洋洋地在低空追逐和“打扫”那些试图逃离的、零星的美国飞机，很多战斗机的油料